6 marca 1888 komitet parafialny podjął decyzję o wybudowaniu nowego kościoła w Mszanie Dolnej. Świątynię postawiono w latach 1891-1901. Fundatorami byli Maria i Henryk Krasińscy, zaś projekt budynku wykonał krakowski architekt Wincenty Wdowiszewski. Na przełomie XIX i XX wieku kościół wyposażano w ołtarze, a w 1910 roku zakupiono nową chrzcielnicę, konfesjonały i organy. Pod koniec pierwszej wojny światowej proboszcz Józef Stabrawa zlecił Juliuszowi Makarewiczowi wykonanie malowideł ściennych, które artysta sporządził w latach 1918-1920. Kolejne malowidła ścienne na ścianie ponad emporą organową przedstawiające św. Cecylię oraz św. Franciszka wykonał Erwin Czerwenka w 1921 roku. W 1927 oraz 1929 roku Juliusz Makarewicz sporządził projekty przekształcenia dwóch ołtarzy bocznych: Matki Boskiej Dobrej Rady oraz Trójcy Świętej. W obu dodano nową środkową część w formie tryptyku, a w ołtarzu Trójcy Świętej dodatkowo umieszczono rzeźbę Najświętszego Serca Pana Jezusa. Od 1918 roku kościół sukcesywnie ozdabiano witrażami. Pierwsze wstawiono w oknach nawy, następne w transepcie (1919, 1930), kruchcie (1923) i w prezbiterium (1922, 1929-1930). Autorami projektów witraży byli: Juliusz Makarewicz, Erwin Czerwenka oraz Zdzisław Gedliczka. Główny witraż przedstawiający patrona świątyni – św. Michała Archanioła wykonano w 1922 roku według projektu Juliusza Makarewicza. Kolejny witraż znajdujący się w prezbiterium powstał w 1929 roku. To wyjątkowe dzieło zdobyło złoty medal podczas Powszechnej Wystawy w Pałacu Rzemiosła w Poznaniu. Przedstawia Matkę Boską Niepokalanie Poczętą. Drugi witraż w prezbiterium – św. Józefa, powstał w 1930 roku. Oba dzieła zaprojektował Zdzisław Gedliczka, profesor Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie. Poważne szkody poniósł kościół w Mszanie Dolnej w czasie przejścia frontu w styczniu 1945 roku. Zniszczeniu uległa część witraży oraz dach świątyni. Prace konserwatorskie witraży wykonała w latach pięćdziesiątych firma Stanisława Gabriela Żeleńskiego z Krakowa.

W 1956 roku powstał kolejny, czwarty ołtarz neogotycki, dedykowany św. Józefowi. Wykonali go Andrzej Węgrzyn i Stanisław Dobrowolski. W polu środkowym znajduje się obraz św. Józefa z Dzieciątkiem, który w tradycyjnej formule ikonograficznej namalował tutejszy artysta Stanisław Ciężadlik. Wykonał on również duży krucyfiks, który umieszczony jest nad ołtarzem głównym. Krucyfiks zamontował w tym miejscu murarz Stanisław Jakubiak. W latach 1966-1969 odrestaurowano witraże, dokonując podczas remontu całkowitej wymiany przeszkleń w oknach nawy. W kolejnym dziesięcioleciu zbudowano schody przy zakrystiach, po obu stronach prezbiterium. Następnie Maciej Makarewicz we współpracy z córką Zofią oraz Józefem Wiatrem przeprowadzili konserwację malowideł ściennych (1972-1974). Artysta wykonał następnie przedstawienia „Chrzest Chrystusa” oraz „Kazanie na górze” w niszach przy prezbiterium, odsłoniętych w związku z przesunięciem ołtarzy bocznych w 1971 roku w głąb transeptu. W wyniku tych prac jeden ołtarz usunięto. 29 września 1975 biskup Julian Groblicki poświęcił odnowione malowidła. W kolejnym dziesięcioleciu wzniesiono przy kościele murowane kruchty, poprzedzające wejścia do ramion transeptu (w miejsce drewnianych z 1964 roku). W 1984 roku poświęcono nowe dwa dzwony, odlane w pracowni Walerii i Janusza Felczyńskich w Przemyślu. Ostatni witraż w kościele z wizerunkiem Jana Pawła II powstał w 2006 roku w oknie wieży. W ostatnich latach poddano konserwacji ołtarze i polichromie. Przy wejściu do kościoła warto zwrócić uwagę na popiersie księdza Józefa Stabrawy, wieloletniego proboszcza parafii w Mszanie Dolnej, który zginął w obozie koncentracyjnym w Dachau. Popiersie wykonał miejscowy rzeźbiarz Stanisław Ciężadlik.

Kościół św. Michała Archanioła jest usytuowany na wysokim wzniesieniu w centrum Mszany Dolnej, na północ od głównej drogi z Raby Niżnej do Kasiny Wielkiej. Teren przykościelny jest otoczony wysokim murem posadowionym na kamiennej podmurówce oraz słupkach z nieregularnych ciosów kamienia i z żeliwnym płotem. W części północnej muru zlokalizowana jest szeroka brama, a od strony południowo-wschodniej na teren przykościelny prowadzą wysokie schody i bramka w murze.

Kościół jest orientowany, murowany, otynkowany, jednonawowy na rzucie krzyża łacińskiego z czworoboczną wieżą w fasadzie. Wnętrze tworzy wydłużone, zamknięte pięciobocznie, dwuprzęsłowe prezbiterium, które oddziela ściana arkady tęczowej. Nawa jest szersza, czteroprzęsłowa, nakryta sklepieniem krzyżowo-żebrowym. Ramiona transeptu zwyczajowo zwane kaplicami są jednoprzęsłowe, otwarte szerokimi arkadami do nawy. Sklepienie nad skrzyżowaniem nawy z transeptem gwiaździste. Prezbiterium z nawą są połączone szeroką, ostrołukową arkadą w ścianie tęczowej. Od północy i od południa do prezbiterium przylegają dwie zakrystie na planie prostokąta, zamknięte trójbocznie. Wejście do zakrystii zaznaczone wysoką ostrołukową arkadą. Na zachodniej ścianie nawy chór muzyczny, wsparty na dwóch kolumnach, dostępny klatką schodową od nawy.

Nawę oświetlają umieszczone w południowych i północnych ścianach prostokątne, zamknięte ostrołukowo okna, takie same znajdują się w prezbiterium; w wieży okno koliste w pierwszej kondygnacji, a w wyższych ostrołukowe wąskie okienka zamknięte żaluzjami. Wszystkie okna w nawie i prezbiterium wypełnione są witrażami lub ozdobnymi przeszkleniami. Do kościoła prowadzi główne wejście od strony zachodniej oraz dwa mniejsze w przybudówkach przy zakrystiach.

W zewnętrznej elewacji kościoła widoczny jest niewysoki kamienny cokół, otynkowany. Prezbiterium, niższe od nawy, oszkarpowane. Nawa również oszkarpowana, nakryta dachem dwuspadowym z wieżą na sygnaturkę na skrzyżowaniu nawy z transeptem. Ramiona transeptu od strony północnej i południowej, a także nawa od strony wschodniej zakończone są wysokim szczytami schodkowymi, ze ścianami ozdobionymi ostrołukowymi blendami. Na zachodnim zakończeniu nawy znacznie niższy szczyt schodkowy. Do zachodniej fasady kościoła dostawiona jest wysoka założona na planie kwadratu wieża-dzwonnica w narożach wzmocniona kamiennymi szkarpami. W dolnej kondygnacji, na osi kościoła, prostokątne wejście do kruchty zaakceptowane dwoma stopniami oraz przedsionkiem w kształcie ostrołukowej arkady, zamkniętej dodatkowo trójkątnym szczytem pokrytym blaszanym daszkiem; powyżej rozglifione koliste okno. Po lewej stronie wejścia do kościoła w płytkiej wnęce umieszczone jest popiersie księdza Józefa Stabrawy z tablicą pamiątkową.

Projektantem kościoła św. Michała Archanioła w Mszanie Dolnej był znany architekt i historyk sztuki Wincenty Juliusz Wdowiszewski (1849-1908). Zrealizowany w Mszanie Dolnej projekt pierwotnie przeznaczony był dla świątyni w Limanowej, gdzie w tym czasie również rozpoczęto starania o budowę nowego kościoła. Jednakże ostatecznie projekt wykorzystano przy budowie tutejszej budowli. Świątynia została wzniesiona w stylu neogotyckim. Tadeusz Jaroszewski, badacz architektury neogotyku w Polsce zaproponował wewnętrzną periodyzację tego stylu na terenie naszego kraju, dzieląc go na trzy okresy. Kościół w Mszanie Dolnej powstał w trzecim okresie wyznaczonym przez badacza, najpóźniejszym, który rozciągał się od lat siedemdziesiątych XIX wieku do 1914 roku. Odznaczał się zmianą pokoleniową wśród twórców oraz przesunięciem zainteresowań z gotyku (ogólnie) do odmian regionalnych. Zmianę tę można zauważyć w dążeniu do uformowania tzw. „gotyku wiślano-bałtyckiego”, czy „nadwiślańskiego”. Wincenty Wdowiszewski inspirował się tą odmianą neogotyku, którą jej twórca – Jan Sas-Zubrzycki – pragnął stworzyć, jako wyrażającą „rys narodowy, potężny, śmiały i zgodny z usposobieniem słowiańskim”.

Wdowiszewski zaprojektował w kościele w Mszanie Dolnej wysokie, wąskie i podzielone kolumienkami okna, zamknięte u góry łukiem ostrym. Znajdują się w nich witraże, które zasługują na szczególną uwagę. Wykonanie projektów pierwszych z nich w 1917 roku za radą Franciszka Mączyńskiego ówczesny proboszcz Józef Stabrawa zlecił Juliuszowi Makarewiczowi. Witraże wykonano w krakowskim Zakładzie Witrażów S. G. Żeleński. Pomysł kompozycji stanowi całościowy projekt dekoracji kościoła, w której głównymi elementami były malowidła ścienne i witraże. Kolejne sześć witrażów wykonał ten sam zespół w 1919 roku. Ostatnią pracą Makarewicza dla kościoła w Mszanie był witraż przedstawiający św. Michała Archanioła w oknie prezbiterium.